30 Temmuz 2015 Perşembe

Bir Hackathon Geçti

Biyoinformatik kampında 48 saatlik bir kodlama maratonunu tamamladık. Biyo Hackathon adlı bu uygulamada yegane amacımız programlama yaparak biyoinformatik sorunlarına kendi çözümlerimizi getirmekti. Bu hackathon Türkiye'de alanında bir ilk oldu.

Hackathonlar bilgisayar programcılarının, yazılım, grafik veya donanım geliştiricilerin  genellikle yazılım projelerinde iş birliği yaptıkları 24 saat ile 1 hafta arasında süren etkinliklerdir. Biyoinformatik kampında yoğun şekilde ilgilendiğimiz Python programlama dilini kullanarak biyoinformatik alanında programlama deneyimlerimizi artırmak ve 48 saat boyunca tek bir amaca odaklanmak fikriyle bir hackathon düzenledik.

Hackathonla ilgili detayları ilk 24 saat sonunda Cansu Demirel blogda paylaşmıştı. Detayları ilgili yazıdan öğrenebilirsiniz: http://yazkampi2015.blogspot.com.tr/2015/07/28-temmuz-alannda-bir-ilk-biyo-hackathon.html

Hızlıca özetlemek de gerekirse maraton Beans ve Chickpeas adlı 5'er kişilik iki takımın mücadelesi ile başladı. Kapalı zarflarda bulunan ve daha önce hazırlanan görevleri sırası ile yerine getirmeye çalışan takımlar ilk günün sonuna kadar mücadele etti. Daha sonra bir DNA'dan elde edilen parçalı okumalarının birleştirilmesi görevinde takımlar güçlerini birleştirerek ikinci 24 saati birlikte çalışarak tamamladı. Görevlere ve süreçte yapılanlara, 48 saatlik sürede anlık olarak güncellenen https://twitter.com/biyohackathon Twitter hesabından erişebilirsiniz.

Hackathon doğası gereği bir tür sıkıştırılmış etkinlik. Biyo Hackathon'da yaklaşık 1 haftada tamamlayabileceğimiz programlama deneyimini iki güne sıkıştırmış, bu anlamda elimizde çok değerli stoklar oluştu. Elbette kapasitemizin üstünde çalıştığımız anlar olduğunu da düşünürsek hackathon orta veya uzun vadeli bir yatırım oldu diyebiliriz. Ortaya çıkardığımız kodların tekrar değerlendirilmesi, elden geçirilmesi bizlere oldukça faydalı olacaktır.

Hackathon süresince aldığımız görevler beklendiği gibi giderek zorlaştı. Yani ilk olarak bir dizideki bazları sayan ve protein bilgisini çıkaran bir program yazdık sonrasında yeni nesil dizileme çıktılarını dizi, baz kalitesi odaklı yorumlayan kodlar yazdık. İkinci günde ise FASTQ formatında gelen DNA parçalarını birleştirerek dizinin tamamını tahmin eden bir algoritma geliştirdik.

Hackathon'da sonuçlandırdığımız kodlara Wiki sayfamızdan ulaşabilirsiniz:
http://193.255.88.41/wiki/staj/BiyoHackaton2015

Biyoinformatik kampı dahilindek, bu hackathon daha önce de ifade ettiğim gibi Türkiye'de alanında bir ilk. Bunun bu alanda bir şeyler yapmak isteyen insanlara motivasyon ve ilham kaynağı olmasını diliyoruz.


Hiç yorum yok:

Yorum Gönder